На базе «Малышковой академии» реализуется три уровня программы: стартовый базовый и продвинутый. Каждая из программ модульная. Основными модулями программы являются «География», «Химия», «Биология», «Астрономия» и «Робототехника». Благодаря успешному освоению программы «Малышковая академия» учащиеся начальной школы приобретают межпредметные знания, умения и навыки, которые являются основополагающими на уровне основного общего и среднего образования.